卵巢是内异症最容易侵犯的部位，约80%的病变累及一侧卵巢，异位的病灶分为微小病灶型和典型的病灶型两种，微小的病灶型属于早期，位于卵巢的浅表皮层的红色、紫蓝色或者褐色斑点或4-5mm的小囊。
随病变的发展，异位内膜侵犯子宫的皮质，并在其内生长，反复的、周期性的出血，形成单个或者多个囊肿样的典型病变，称为卵巢的子宫内膜异位囊肿。囊肿的大小不一，直径多在5cm左右，大的可以有10-20cm，内含暗褐色的巧克力样的糊状的陈旧血液，故又称为卵巢的巧克力囊肿。