干燥综合征如果病情控制不佳，会导致多系统损害，出现多个脏器的病变，主要以消化系统、呼吸系统和肾脏损害为主。呼吸系统常出现肺间质病变，甚至出现肺动脉高压。消化系统主要以胃肠道症状为主，出现吞咽困难、萎缩性胃炎，还有部分患者会出现肝脏损害，以及慢性胰腺病变。
大约有30%-50%的患者会伴有肾脏损害，主要以肾小管病变为主，表现为肾小管酸中毒、低钾血症，或者严重的还可能会出现肾脏的钙化、肾结石等病变。