下丘脑性闭经是因为下丘脑的激素分泌异常造成的闭经，下丘脑具有垂体肾上腺素、促性腺激素，传导通路的中枢内分泌系统，具有分泌促性腺性激素，以及促甲状腺激素、泌乳素等激素的作用。
通过下丘脑到垂体，进行调整身体性腺的排泄和反馈作用。如果下丘脑出现异常，会导致性腺分泌异常、泌乳素分泌异常，造成月经紊乱、闭经的症状。通常需要通过药物的方法进行调整激素水平，如果存在垂体瘤，药物调整欠佳的情况下可以通过手术来治疗。