抗心磷脂抗体综合征临床经常表现为血栓形成，常以中小血管最为好发，动、静脉都可以形成血栓，而且以静脉血栓更为多见。
出现这种情况应进行积极治疗，主要包括抗凝治疗和抗血小板治疗，包括使用抗血小板治疗的药物如阿司匹林、肝素、华法林等。
有时如果出现明确的血小板减少或者自身免疫性溶血性贫血，以及危重情况的抗心磷脂抗体综合征或横断性脊髓病变危及生命时，也应该使用激素类药物。在急性血栓形成的时期，应使用肝素或者新型口服抗凝药进行长期的抗凝治疗。