胰腺囊肿主要是以手术为治疗方法，有内镜下微创手术和外科手术，胰腺囊肿的出现与胰腺炎发作有直接关系。在发作期间患者会出现剧烈疼痛，严重的情况下囊肿会破裂、出血，甚至会危及到生命，在急性发作期间患者可以先进行外引流手术，外引流的手术方式包括内镜下引流和外科手术引流。
内镜下引流是一种微创的手术方式，一般是首选的方法，如果不适合内镜下引流，可以选择外科手术，需要将囊肿切开，将其中的脓性物质释放出来，然后再进行缝合。在瘘管形成之后可以再次手术进行治疗。
有部分患者是属于假性囊肿，是在重症胰腺炎发作4周左右之后，病情会逐渐显现出来，可以根据病情择期进行手术，手术是应当根据病变的范围和程度决定。假性囊肿比较小的患者会在一段时间后进行吸收，假性囊肿体积比较大的患者就应考虑手术切除。