怀孕36天不可以做人工流产手术，因为此时停经时间太早，即使通过B超检查确定了宫内妊娠，孕囊也非常小，此时做人工流产容易发生漏吸现象，还需要进行第二次，甚至第三次清宫手术。
对于早孕期终止妊娠的方案，原则上是尽量药物流产，不要做人工流产。因为药物流产只是通过药物促进妊娠组织的排出，没有器械对子宫的影响，可以避免由于器械损伤而导致宫腔粘连、内膜损伤，甚至继发不孕症，所以如果早孕期决定终止妊娠，就尽量做药物流产。怀孕36天完全可以通过药物流产终止妊娠，而此时做药流也是一个最佳时间，只要确定了宫内妊娠，药流成功率几乎可以达到100%。