藿香正气水在正常情况下不能用于治疗灰指甲，灰指甲的病因可以从两个方面阐述。
西医学认为灰指甲是由于真菌感染，侵袭指甲引起的指甲病变，中医学认为灰指甲是本虚标实的疾病。本虚标实就是机体本来虚弱出现感受外邪，而灰指甲多是由于气血不足导致外邪入侵形成的疾病。藿香正气水的作用是外散风寒、内伤湿滞，用于治疗外感风寒、内伤于湿的疾病。因为治疗范围与灰指甲不是同样的病因病机，所以不能用于治疗灰指甲。