想要治疗甲状腺双叶滤泡囊肿，必须要通过手术治疗，因为其主要是长在甲状腺组织上，所以如果只是单纯的想要采用保守治疗，通常很难达到理想效果，而在通过手术切除之后，需要对其进行病理分析，手术完以后切掉的组织送病理，多数情况下属于良性的可能性比较大，最终要以检查结果为准。
如果囊肿不是很大可以不用进行手术切除，如果疼痛感比较明显可以通过服用布洛芬等止痛药来进行缓解，一般患有该疾病的患者，很大几率上会有内分泌紊乱或者是炎症的情况，如果不想要进行手术治疗，可以服用优甲乐或者甲状腺素片等药物进行治疗。为了防止恶变最好用手术进行切除，在术后要注意自己的日常饮食，以新鲜的蔬菜和水果为主，适当的进行体育锻炼。