细菌性脑炎根据感染细菌种类的不同，治疗的疗程也不一样，最常见导致脑炎的细菌为肺炎球菌、脑膜炎双球菌和流感嗜血杆菌B型，其次是金黄色葡萄球菌、大肠杆菌、铜绿假单胞菌等等，结核菌的感染临床上也比较多见。
如果是肺炎球菌感染，一般治疗的疗程是两周，如果是铜绿假单胞菌等革兰氏阴性杆菌的感染，治疗疗程是三周。
如果是结核菌感染，根据病情的轻重和菌株是否耐药，疗程也不相同，轻症患者的疗程一般在9-10个月，如果是利福平的不耐药菌株疗程九个月就可以了，但如果是对利福平耐药的菌株需要连续治疗18-24个月。