对于腘窝囊肿最佳的治疗时间，取决于患者的症状。只有症状对患者产生不良影响，而且通过药物保守治疗，达不到缓解症状目的时，会考虑彻底的手术解决问题。
腘窝囊肿是骨科很常见的一类疾病，主要发生在膝关节的后方。囊肿就像气球一样可大可小。如果囊肿不大、体积很小，甚至有的人是因为查体才发现的腘窝囊肿，没有任何症状，一般不需要特殊治疗。只需要定期观察或者复查局部的B超，了解大小变化即可。如果腘窝囊肿比较大，压迫到周围组织，比如周围的血管和神经，产生下肢的症状，比如膝关节局部胀痛，压迫到后方的血管和神经，造成肢体麻木、疼痛和血液循环障碍，就要通过手术的办法才能彻底去根。但是，也有的人认为可以往里边打点激素或者抽一下体积变小，没有症状，但是只要气球皮还在，哪怕扎爆还可能会复发。
大多数患者经手术后会取得很好的疗效，还要积极的治疗原发病，预防其复发，定期随诊。