大三阳和小三阳区别主要是做乙肝两对半的过程中检测结果的差异，大三阳的是指表面抗原阳性、e抗原阳性和核心抗体阳性，小三阳是表面抗原阳性、e抗体(阳性、核心抗体阳性。
e抗原变成了e抗体阳性，提示病毒的活跃程度下降，但是也存在一些病人出现了病毒变异的情况，还需要检测乙肝的DNA。
另外，大三阳和小三阳在抗病毒治疗药物的使用疗程中时间长短不一样，小三阳是e抗原阴性、e抗体阳性，在乙肝抗病毒的过程中治疗的时间要比大三阳长。