大部分肺结核患者不需要手术治疗，而只需要给予抗结核治疗。治疗原则是早期、规律、全程、适量、联合，整个治疗方案分强化和巩固两个阶段。
在临床上需要手术治疗的肺结核适应症主要是经合理化学治疗无效的患者，有多重耐药的厚壁空洞、大块干酪灶、结核性脓胸、支气管胸膜瘘和大咯血、保守治疗无效的患者，给予外科手术治疗之后也需要积极的抗结核治疗。要根据药敏试验选择合理的方案，如果是药物敏感的患者可以给予6-12个月的治疗方案。如果是耐药的肺结核需要制定耐药治疗方案，一般对耐药的患者要详细了解病人的用药史，避免严格只选用一种新药加到原失败方案当中，不使用交叉耐药的药物，治疗当中至少含有四种二线的敏感药物，而且要预防耐药肺结核的发生。