大部分脑血栓是不会遗传的，少部分脑血栓是有遗传相关性的，比如脑梗死的单基因遗传病，伴皮质下梗死和白质脑病的常染色体显性遗传性脑动脉病，以及伴皮质下梗死和白质脑病的常染色体隐性遗传性脑动脉病。
一些其它的遗传因素也与脑梗死的发生有关，比如镰状细胞贫血、法布里病、遗传性胶原蛋白病、高同型半胱氨酸血症等等。
另外一些原因导致的凝血功能障碍，也有一定的遗传倾向，比如遗传性的蛋白C、蛋白S缺乏、抗凝血酶3缺乏、凝血因子5的基因突变、真性红细胞增多症、纤维蛋白原病等等。
其他的遗传性的因素也可能与脑血栓相关，比如线粒体脑疾病等等。