亚急性甲状腺炎分为亚急性肉芽肿性甲状腺炎，以及亚急性淋巴细胞性甲状腺炎。亚急性肉芽肿性甲状腺炎起病前经常有病毒感染病史，典型病程包括甲亢期、甲减期和恢复期三个阶段，起病相对急骤，前期呈甲亢相关的症状，如发热、畏寒、乏力等症状，此后在数周到数月内的甲状腺功能恢复正常的病人，症状逐渐消失。
亚急性淋巴细胞性甲状腺炎发病与自身免疫因素有关，患者甲状腺组织内有大量淋巴细胞浸润，同时血浆中有甲状腺过氧化物酶抗体，患者临床症状包括甲亢相关症状，在起病数月内逐渐恢复正常，但有一部分患者会转归成永久性甲减。