直肠炎的治疗需要针对病因进行治疗，临床上最常见的直肠炎是感染性直肠炎，包括细菌感染和病毒感染。细菌感染需要选用针对病原体敏感的抗生素，最常用的是喹诺酮类抗生素和抗厌氧菌的抗生素，如左氧氟沙星、甲硝唑等等。而病毒感染目前没有特异性的针对病毒的药物，主要是对症治疗，如止泻、补充水电解质等等。
还有就是溃疡性的结肠炎，溃疡性的结肠炎最常见就是累及直肠，这一类的病人根据病情的轻重可以选择口服5-氨基水杨酸，再加上5-氨基水杨酸的栓剂，或者单用栓剂进行治疗。这种疾病需要长程维持，疗程可能需要3-4年。还有长期便秘的病人，因为粪块的压迫而造成直肠黏膜的破损，这一类的病人需要使用通便药物软化大便，解决便秘，直肠的黏膜才能得到修复。