孩子口腔疱疹可以给孩子服用抗病毒的药物，比如阿昔洛韦颗粒、利巴韦林颗粒。如果孩子体温超过38.5℃，可以给孩子服用对乙酰氨基酚片、布洛芬颗粒的退热药物来退烧，同时要给孩子少量多次喝温开水。
如果合并细菌感染，可以同时联合口服抗生素，比如阿莫西林颗粒、头孢克肟颗粒（6月以下禁用），也可以在医生的指导下给孩子服用具有清热、解毒作用的中成药，比如板蓝根颗粒、小儿抗病毒口服液等缓解症状。也可以应用开喉剑喷雾剂，缓解孩子口腔和咽喉疼痛的症状，以促进孩子口腔疱疹尽快恢复。