LGI1自身免疫性脑炎的治疗方法包括免疫治疗、对症支持治疗及康复治疗，合并肿瘤的患者要进行切除肿瘤等抗肿瘤治疗。
最重要的是免疫治疗，分为一线免疫治疗、二线免疫治疗和长时程免疫治疗。
一线免疫治疗包括应用糖皮质激素、静脉注射免疫球蛋白和血浆置换，二线免疫治疗的药物，包括利妥昔单抗与静脉用环磷酰胺，长时程免疫治疗药物包括吗替麦考酚酯与硫唑嘌呤。
一般来说需要经过3-6月或更长时间的治疗，如果伴有肿瘤的应进行手术化疗或放疗等综合的抗肿瘤治疗。
对于对症治疗里，需要对有癫痫发作的，进行抗癫痫治疗，如果出现精神症状的应用抗精神病药物进行治疗，比如奥氮平、氯硝西泮、丙戊酸钠、喹硫平等等。
如果病人留有其他神经功能缺损，要积极进行康复治疗。