子宫腺肌症的病因，是因为患者部分的子宫肌层中的内膜病灶与宫腔内膜直接相连，故认为是由基底层子宫内膜侵入肌层生长所导致的。多次妊娠及分娩、人工流产、慢性子宫内膜炎等，造成子宫内膜基底层损伤，与腺肌病的发病密切相关。
由于内膜基底层缺乏黏膜下层，内膜直接与基层接触，使得在解剖结构上子宫内膜易于侵入肌层。腺肌病常合并有子宫肌瘤和子宫内膜增生，提示高水平雌孕激素刺激，也可能是促进内膜向肌层生长的原因之一。