孕三个月不可以直接做无痛人流，不能负压吸宫。一般多选择先给予药流，待孕囊胚胎排出之后再手术清宫。孕9-10周之内可以直接做无痛人流，负压吸宫，但孕9-10周以后孕囊过大、胎芽过长，需要先给予药流，胚胎排出之后再手术清宫。
手术清宫可以选择无痛清宫，有时孕囊何时排出不好预测，手术室无法安排无痛清宫，只能进行有痛清宫，但疼痛不是特别强烈，都可以耐受。孕三个月时也可以选择无痛钳刮术，但是手术创伤大、流血多，也容易造成术后残留等并发症，目前已经很少进行。