腰椎穿刺术及脑脊液化验对于诊断脑炎是非常重要、不可缺少的检查。一般腰椎穿刺术不会出现严重的副作用，可能会出现以下的并发症：
一、低颅压头痛，一般表现为平卧和头低位的时候无头痛，而坐位和站立位的时候会出现明显的头痛。多因穿刺针过粗、穿刺技术不熟练，或过度引流脑脊液及术后起床过早等，使脑脊液自穿刺孔不断外流有关。因此腰穿后应该至少去枕平卧4-6小时，一旦出现低颅压头痛的症状，要大量饮水和卧床休息，严重者可给予每日静滴生理盐水1000-1500ml，多数能缓解。
二、引起神经根痛，当腰椎穿刺针尖刺伤马尾神经时，会出现暂时性的神经根刺激症状，一般不需要特殊处理。
三、少见的并发症包括穿刺部位出血或局部的感染。
四、最严重的并发症是在颅内压增高时进行腰椎穿刺术，如果放脑脊液过多过快时，可以诱发脑疝，会导致患者迅速昏迷、呼吸及心跳停止，甚至死亡。
因此，对有颅内压明显增高的患者，尽量不进行腰椎穿刺术。必要做腰椎穿刺术时，应先用脱水剂降低颅内压之后再做腰穿，腰穿放脑脊液要缓慢，而且量要控制。