肌肉萎缩的治疗包括对病因进行治疗、对症治疗和康复治疗，肌肉萎缩根据不同的病因有不同的治疗方法，比如肌萎缩侧索硬化症的肌肉萎缩可以应用利鲁唑来治疗，脊髓性肌萎缩可以采用基因治疗。
而一般的肌肉萎缩，可以进行对症治疗，比如应用B族维生素、ATP、辅酶A，神经生长因子、辅酶Q10等。
另外对于废用性肌肉萎缩或脊髓病变，以及神经病变导致的肌肉萎缩可以进行康复治疗，通过康复治疗来减轻肌肉萎缩发展的程度，以及促进神经代偿功能的恢复，才能让病人的肌肉萎缩得到减轻或延缓。