内分泌科和妇科是不一样的，内分泌科主要负责内分泌代谢类的疾病的诊治，其中包括内分泌类的疾病，主要是垂体、甲状腺、肾上腺、性腺、甲状旁腺。代谢类的疾病，主要包括糖尿病、肥胖症、骨质疏松、痛风、脂质代谢紊乱之类的疾病。
妇科是妇产科的分支专业，主要是诊疗女性的妇科病，其中女性的生殖系统的疾病主要包括外阴疾病、阴道疾病、子宫疾病、输卵管疾病、卵巢疾病。内分泌科和妇科之间有交叉的疾病，比如多囊卵巢综合征，经常会以不孕、月经紊乱去妇科就诊。多囊卵巢综合征同时也经常会伴有代谢的紊乱，比如血糖升高、血脂异常、高尿酸血症，来内分泌科就诊。