矫正牙齿的副作用有在进行固定矫治时，牙齿唇侧黏接的托槽、颊面管等附件，与镍钛弓丝结扎后容易滞留食物残渣和软垢。
如果口腔卫生清洁不及时，矿化形成结石后会刺激牙龈红肿、出血，并能引起牙面脱矿，造成龋坏。牙龈退缩后暴露的牙根面会对冷、热刺激产生敏感，容易形成食物嵌塞，造成邻面发生龋坏，牙齿间隙增大后形成的黑色三角影响美观。
如果施加的矫治力过大，引起牙齿快速移动，牙齿根尖部会发生吸收，变得圆钝。牙槽骨生长改变速度较慢时会导致牙齿松动，有时发生脱落。