红色胎记是许多患儿在出生时就出现，所以目前认为部分红色胎记与遗传因素有关，除此之外，还有以下几种因素：
一、由于病变部位支配血管的神经缺乏，导致毛细血管充血扩张，起初会表现为红色或者粉红色。随着年龄增长这种颜色会逐渐加深变成紫色，并可以出现结节状的增厚。
二、胚胎发育过程中，特别是在血管性组织分化阶段，由于其控制基因段出现小范围的错构，会导致特定部位组织分化异常，并形成这种红色胎记。
三、由于发现红色胎记的发病率女孩高于男孩，在红色胎记的组织中检测发现雌二醇的水平增高，所以认为这种雌激素也与红色胎记的发生有关。