正常的阴道内有病原体寄居形成阴道正常的菌群，正常的阴道内是以产生过氧化氢的乳杆菌占优势。乳肝菌一方面分解糖原使阴道处于酸性环境，另一方面产生过氧化氢及其他的抗微生物因子，可以杀灭或抑制其他的细菌，比如厌氧菌、棒状杆菌、加德纳菌、摩根菌、消化球菌、支原体和念珠菌等等，乳杆菌在维持阴道正常菌群中起到一个关键性的作用。
尽管这些菌群共同生活在一起，但是它们之间有一定的平衡而不致病。如果在一定的情况下，平衡被打破或者是外源性的病原体侵入，就会导致炎症的发生。比如体内雌激素水平变化或者频繁的性交、阴道盥洗，可以改变阴道的pH值，进而会导致阴道的生态平衡发生变化。雌激素水平低落、阴道上皮糖原含量下降、pH值升高就会导致外源菌的侵入，或者是内源的生态平衡打破，出现阴道炎或阴道分泌物的异常。