反流性食管炎治疗周期比较长且容易复发，因此比较难以治愈。
反流性食管炎与胃酸分泌过多、贲门括约肌松弛等原因有关，在治疗上主要采用促消化、抑制胃酸分泌的药物进行治疗，治疗时需要患者长期坚持治疗，病情才能够得到改善。
部分患者由于治疗周期比较长，无法坚持用药，从而导致疾病反复复发而增加治疗难度。
反流性食管炎的出现与饮食也有直接关系，经常出现暴饮暴食、吃辛辣刺激性食物，尤其是有烟酒嗜好的患者，这些因素不仅会增加治疗难度，治愈后复发的几率也会增加。
部分人出现反流性食管炎与幽门螺旋杆菌感染有关，如果不针对幽门螺旋杆菌进行根治，也会影响疾病治疗效果。