先天性心脏病的不同亚型预后是不同的，对于房间隔缺损，一般房间隔缺损的孩子经过手术或介入治疗后，预后比较良好，如果是合并艾森曼格综合征的患者，预后不好。对于室间隔缺损，如果室间隔缺损的面积较小，预后比较好。如果缺损大，伴有严重的肺呼吸道高压，预后比较差。
还有动脉导管未闭，动脉导管未闭总体预后是比较良好的。另外，还有肺动脉狭窄，肺动脉狭窄经介入或者手术治疗后效果比较好。还有法鲁氏四联症，法鲁氏四联症是比较严重的紫绀性先天性心脏病，如果儿童期未经手术治疗，预后很不好。还有艾森曼格综合征，这是先天性心脏病后期，已经失去了手术治疗机会，预后是不好的。