宝宝大脑发育不良的病因很多，根据病因的作用时间进行分类有三种，即出生前、围产期和生后三类，具体如下：
1、出生前的因素占43.7%，包括遗传性疾病、胎儿宫内发育迟缓、早产儿多发畸形、宫内止血、妊娠毒血症、各种中毒、宫内感染等，其中遗传性疾病占40.5%，主要的遗传性疾病有染色体畸变、先天性代谢疾病、遗传综合征等。
2、围产期因素占14.1%，包括产时止血、颅内出血、产伤，其中主要为止血和颅内出血。
3、出生后因素占42.2%，包括脑炎、脑膜炎、脑病、惊厥后脑损伤、心理创伤，特别是感光缺陷、脑血管疾病、营养不良、颅脑外伤和黄疸。
各种各样的中毒都可以导致脑发育不良，还有其他原因不明的一些原因。