某些卵巢囊肿是非常容易复发的，而有些卵巢囊肿手术以后是可以达到治愈的，比如子宫内膜异位症造成的巧克力囊肿，由于内膜在卵巢激素的作用下会有周期性出血，只要在育龄期，巧克力囊肿是非常容易复发的，即便手术以后残存的异位内膜，仍然可以逐渐形成囊肿，所以一般来讲在巧克力囊肿手术以后需要进行后续治疗。其它囊肿，比如单纯性囊肿、浆液性囊腺瘤、纤维瘤等等，通常不会复发。
由于某些肿瘤是多中心性，也经常会发现其复发，比如畸胎瘤，这种肿瘤常常可以在一个卵巢当中发现几个肿瘤的中心，但是由于肿瘤中心的大小、位置不同，特别是目前大多采用腹腔镜手术，有时候切除了大的肿瘤，而小的肿瘤是无法看到的，这时候过若干年以后有些人会认为是肿瘤复发，其实并不是复发，而是原来就有，只是我们没有发现而已。所以不能笼统说卵巢囊肿的复发概率，主要是要看肿瘤是什么样的肿瘤，同时用的什么方法来做手术，肿瘤是良性的还是恶性的。