怀孕六周，停经40多天，处于胎儿生长发育的敏感期，也是不太稳定的阶段。如果出现褐色分泌物，需要考虑先兆流产，同时也要排除宫外孕。如果孕酮偏低，孕妇休息不好、情绪紧张等，都会增加先兆流产的风险。怀孕是优胜劣汰的过程，如果出现褐色分泌物，有可能会导致难免流产。所以首先要做B超确定孕囊的位置，排除宫外孕，还需要抽血查孕酮和绒毛膜促性腺激素，一般情况下需要保胎治疗。症状轻微可吃保胎药，卧床休息，症状严重的最好住院治疗。