乳糖不耐受喝以大豆，或牛奶为基础的无乳糖替代配方，碳水化合物来源以蔗糖、葡萄糖聚合体、麦芽糖糊精、玉米糖浆替代乳糖，其他成分同常规奶配方一样。无糖替代配方，用于先天性乳糖酶的缺乏、原发性乳糖酶缺乏，以及半乳糖血症，治疗原发性疾病后，症状会消失。
病毒性肠炎常有继发性双糖酶，主要是乳糖酶缺乏，对疑似病例可暂时给予低乳糖配方替代，时间1-2周。国内有很多研究资料显示，儿童腹泻恢复期继发性乳糖酶不耐，受短时间内采用无乳糖配方，有助于肠黏膜的修复，但不易长期使用。因为乳糖不耐受，仅提供婴儿生长所需的能量，同时乳糖是小儿食物纤维素的来源，有益于小儿有益生菌的成长，乳糖还有助于肠道钙的吸收，所以不适宜长期使用。