肠炎的治疗方案需要根据病因进行制定，如果是感染性的肠炎，也就是平常经常见到的病毒或者细菌感染造成的急性胃肠炎。
如果是病毒感染造成的，目前没有特效的抗病毒的药物，主要是对症支持治疗，维持水电解质平衡以及止泻。
细菌感染性急性胃肠炎需要针对病原体选择抗生素，最常用的是左氧氟沙星，也就是喹诺酮类，再加上抗厌氧菌的如甲硝唑。
如果是缺血性的结肠炎常见于老年人，需要给予恢复血容量、改善微循环这些治疗。如果是慢性的溃疡性的结肠炎，需要根据病情的分级，选择5-氨基水杨酸、糖皮质激素以及免疫抑制剂。