骨囊肿的患者，一般采取手术的方式进行治疗，如果是较小的骨囊肿，也可进行保守治疗，即进行观察。骨囊肿是一种良性病变，一般不会产生明显的临床症状，仅仅在偶然拍片时可以发现。
一般骨囊肿好发于长骨的两侧，通常情况下，由于其他原因检查时，意外在X线上可以发现一个密度区，出现低密度区，医生会建议进一步的行CT、核磁，通过影像学资料可以初步判断为骨囊肿，如果采取病理学活检，可以明确骨囊肿的存在。手术是治疗较大骨囊肿的一种有效手段，因为骨囊肿可以导致病理性骨折的发生，很少一部分患者会因为病理性骨折来医院进行处理。骨囊肿的手术，一般需要采取囊肿切除、植骨进行固定，如果囊肿较小，也可采取暂时观察的方法，定期拍片进行诊断。