门静脉血栓形成可以造成严重后果，但并不是所有的门静脉血栓都是非常严重的病变。门静脉血栓如果能够给予及时的治疗，包括药物、介入或者手术治疗，有可能完全治愈。
不过，如果出现门静脉主干血栓，存在时间较长，最终会导致门静脉高压的形成，甚至还有可能引起肝硬化，这就会造成临床上出现上消道出血、脾功能亢进、顽固性腹水或者肝性脑病，这些都是非常严重的并发症，可以危及患者的生命，甚至最终会导致肝功能衰竭，引起患者死亡。
如果门静脉主干血栓向下延伸，形成肠系膜上静脉血栓，这时还有可能造成广泛的肠管血运障碍，甚至有可能引起肠坏死，需要及时进行手术治疗。广泛的肠坏死切除以后会形成短肠综合征，而肠坏死也可以引起腹腔感染性休克，造成患者的死亡。