口蹄疫和手足口病不是一回事，二者不一样，手足口病是肠道病毒感染疾病，常常以柯萨奇病毒A16型和肠道病毒71型两种病毒最常见，只在人的身上进行传播，是种传染病，一般不会发生在动物身上。口蹄疫是由于口蹄疫病毒感染而引起疾病，不单发生在人的身体上，而且在动物身上也会发生，比如牛、羊，也就是人畜共患疾病。
虽然手足口病和口蹄疫都会在口腔黏膜以及皮肤出现水疱疹，但是手足口病皮肤上的水疱通常情况下没有不适的症状。手足口病主要是表现在口腔、手心、脚心、臀部，个别也会出在膝关节和肘关节。口蹄疫所引起的皮肤疱疹通常会伴有灼热、不适感，而且水疱比较大、形态不一样。另外手足口病常发生在儿童，口蹄疫常常见于成人。