棘阿米巴角膜炎的治疗方案包括以下两步：
第一步，切断病原，棘阿米巴角膜炎主要是由于棘阿米巴虫感染眼睛而引起的，所以切断感染途径是治疗的关键一步。患者应该注意眼部的卫生，不要用手去触摸眼睛，经常使用隐形眼镜要进行消毒、杀菌。
第二步，去除病灶，通过手术方法将发病角膜予以刮除，使用杀菌药膏或者滴眼液进行治疗。双乙醛酸双溴丙咪是目前治疗棘阿米巴角膜炎最常用的药物，由于棘阿米巴角膜炎比较的顽固，这个阶段的治疗过程会比较的漫长，会持续3-4个月，直到阿米巴原虫完全被消灭为止。如果通过这种方法仍然达不到治愈的目的，就需要进行角膜移植手术。