甲硝唑是一种抗厌氧菌感染的药物，也是一种抗生素，只能治疗细菌感染，没有治疗霉菌感染的功效。当患有霉菌性阴道炎时，不能使用甲硝唑来治疗，因为甲硝唑是无效的，而霉菌性阴道炎应该选用抗霉菌的药物。
目前抗霉菌的药物有多种，包括口服的药物和阴道栓剂，口服药物可以有氟康唑、伊曲康唑胶囊以及制霉菌素，而阴道的栓剂也有多种，比如硝酸咪康唑栓、克霉唑栓、制霉菌素阴道栓等等，不同情况选择的药物不同。未婚的女性常以口服药物为主，而已婚的女性最好使用阴道栓剂，使用阴道栓剂，最好是非月经期。如果来月经症状明显时，也可以选择口服药物。