幼儿百日咳主要表现为阵发性痉挛性咳嗽，而且咳嗽伴有鸡鸣样吸气性吼声。该病程比较长，一般容易并发肺炎、神经系统疾病，并出现相应的症状。
典型的症状是孩子在感染百日咳杆菌后会有2-21天的潜伏期，随后出现典型的百日咳症状。病程可以分为三个期，卡他期会表现为轻微的咳嗽、流鼻涕、低热、喉咙轻微疼，持续时间为1-2周，这个阶段有传染性，与普通感冒不同的是咳嗽会逐渐加重。
痉咳期的病情进展比较严重，有明显的阵发性痉挛性咳嗽，咳嗽是成串性的。同时咳嗽以后会发出类似鸡鸣样的吸气吼声，随着咳嗽反复发生会出现呕吐、大量黏痰，夜间咳嗽比较明显，这时候症状的持续时间可长达2-6周，这个阶段是并发症的高获阶段。
经过数周和数月后，咳嗽频繁和严重程度逐渐减轻便进入了恢复期阶段，孩子的咳嗽、呕吐症状逐渐缓解，症状逐渐消失，均恢复正常。