N99口罩和N95口罩的区别在于对于0.3μm的颗粒过滤效率不同。N99的过滤效率是最高的，达到99%，N95口罩的效率为95%，也是很高的。两者都具有很强的防护新型冠状病毒感染的作用，可以防护粉尘、细菌以及其它的有害物质。
两者口罩在日常生活中可以进行佩戴，对于有高度怀疑新型冠状病毒感染的患者以及确诊的患者，一定要保持1米以上的距离，同时佩戴相关的口罩、护目镜进行防范。如果距离过近，对于患者的传染率很高。对于N99口罩的应用在临床和日常不太普及，在于该口罩的密闭性特别强，呼吸会有憋气的感觉。