子宫内膜异位症的治疗主要包括药物治疗和手术治疗，根据患者不同年龄、不同子宫、内膜异位症的严重程度，来选择治疗方法。
药物治疗适用于有生育要求的女性，常用的药物有非甾体抗炎药，可以达到止疼的效果，还包括口服短效避孕药及孕激素，抑制子宫内膜异位细胞的生长。
另外常见的还包括GnRH-A类药物，临床上常见的有亮丙瑞林和戈舍瑞林等。
如果药物治疗无效，或药物治疗后病情加重，可以采取手术治疗，手术治疗又分为不同的手术方式，可以采取保留生育功能的手术，将内膜异位的病灶进行去除。
也可以采取保留卵巢功能的手术，切除盆腔内的所有病灶及子宫，但保留至少一侧或部分卵巢。最后是根治性手术，将子宫双附件及盆腔内所有肉眼可看到的异位病灶进行切除，以上是主要的治疗方法。