治疗角膜溃疡最好的眼药水，主要是根据角膜溃疡的类型，要考虑溃疡是由于细菌感染、病毒感染引起、真菌感染引起的，或者是自身免疫性炎症引起的。然后根据病因的不同，选择对症的眼药水，对症眼药水是最好的眼药水，具体如下：
第一、细菌性角膜溃疡必须使用抗菌类药物，例如左氧氟沙星、妥布霉素滴眼液，必要的时候还可以做药物敏感试验，选择敏感的眼药水进行点眼。
第二、病毒性角膜溃疡必须要选用抗病毒眼药水，例如更昔洛韦眼药水、阿昔洛韦眼药水，以及安达芬滴眼液点眼。
第三、真菌性角膜溃疡可选择的抗真菌的药物不是很多，主要有那特真、氟康唑等眼药水，等待角膜溃疡的炎症性质被控制住。针对角膜溃疡后期的康复，可以使用人工泪液，或者是促进角膜恢复的眼药水，例如玻璃酸钠、贝复舒眼药水等。