前列腺在显微镜下的结构，可以看见是由大量管道状腔隙样结构的前列腺小管组成，这种腺体小管主要的功能是运输前列腺液到达精囊腺，所以前列腺液实际上在管道通畅的情况下，可以顺利的排射到后尿道，进而排出到体外。当前列腺局部出现感染性病变时，前列腺小管的管线状结构就会发生感染性的狭窄、梗阻，导致局部的前列腺液淤滞、潴留，从而形成一个微小的囊肿。
随着时间的进展，囊肿逐渐长大就可以形成影像学上比较明显的囊肿。但是不必担心，这种囊肿体积一般都不会太大，长到1cm就算是很大的，很少有比这个体积范围更大的囊肿。即便如此，前列腺囊肿对前列腺的生理功能，包括对人的身体健康状态都不会有大的负面影响，所以对前列腺囊肿不主张进行过于积极的治疗，临床观察就可以。