感染性心内膜炎最常发生于二尖瓣关闭不全和主动脉瓣疾病，二尖瓣心瓣膜功能异常，有利于病菌的积累、繁衍，会使菌体侵入心脏，或者毒力强的病原体感染引起的炎症，导致心脏被染上毒素，并会损伤心内膜，当机体抵抗力降低，病原菌则侵入心内膜。
急性感染性心内膜炎是由于被牵涉到的心内膜层，有溃疡形成，主动脉瓣疾病是由于各种各样细菌或病毒入侵，而引起的心瓣膜或心内膜的炎症。瓣膜损伤后先是心脏受损和心律失常，冠状动脉受到影响后可导致心肌血液供应障碍，限制了心脏的收缩和舒张，心脏无法正常射血、炎症集中在心腔部位，引起感染性心内膜炎。