卵巢巧克力囊肿是子宫内膜异位症的一种，子宫内膜异位症的恶变几率是比较低，但是并不是100%不会发生恶变。如果内异症恶变主要恶变部位在卵巢，在其它的部位很少见。临床上如果有以下情况应该警惕内异症的恶变：
1、绝经后内异症患者疼痛节律改变。
2、卵巢囊肿直径＞10cm。
3、影像学检查有恶性的征象。
4、血清CA125水平＞200U/ml。
治疗应遵循卵巢癌的治疗原则，预后比非内异症恶变的卵巢癌要好。