直肠炎需要针对病因进行治疗，如果是因为细菌感染造成的感染性直肠炎需要针对病原体进行治疗，通常需要用抗生素，最普遍应用的是喹诺酮类抗生素，如左氧氟沙星。
如果是因为便秘、长期大便嵌顿引起的压迫性直肠炎，则需要针对便秘进行治疗。如果是溃疡性结肠炎累及直肠，这种疾病是一种自身紊乱性疾病，最常侵犯直肠，尚不能彻底治愈，只能用药物长期的维持缓解。
根据病程的轻、中、重度来确定治疗方案，轻度主要口服5-氨基水杨酸类药物以及肛塞5-氨基水杨酸的栓剂来治疗，重度或中重度溃疡性结肠炎通常会蔓延至整个结肠，此时需要用激素以及免疫抑制剂治疗。