头部CT是X射线断层扫描的一种方式，主要用于诊断急性脑出血比较有优势，可立即出现高密度病灶对钙化的敏感性比较高。如果是脑梗死在发病24小时之内头部CT可能会完全正常，对于较大的肿瘤感染或者颅骨的骨折，头部CT比较有优势。
而磁共振检查主要是一种应用磁场的检查，磁共振检查不像CT检查，磁共振检查没有辐射。一般磁共振检查对脑部的结构显示较清晰，经常用于脑梗死的超急性期，比如可以应用弥散成像。
还可进行脑肿瘤以及炎症的检查比较准确，还可做增强扫描或进行血管的检查，比如MRA进行动脉检查，MRV进行静脉窦的检查，对后颅窝脑干小脑的病变，头部磁共振比头部CT更加有优势。