甲氨蝶呤是一种化疗药，主要是用在多种恶性肿瘤的治疗上，包括类风湿的一些患者也能用这个药，它的副反应比较多。目前来说最常见的副反应如下：
第一、胃肠道的反应，比如恶心、呕吐、食欲减退，这也是大多数化疗药都具有的副反应。如果是在医院应用甲氨蝶呤，有这样的副反应，在治疗前予以预防性的止吐药，能减少副反应。
第二、骨髓抑制，也是所有化疗药一般都具备，主要表现为白细胞，还有血小板的降低。如果剂量很大，严重时也可出现全血细胞水平的下降。必要的情况下出现了严重的骨髓抑制要停药，并到医院接受积极的处理。
第三、肝功能的伤害，很多化疗药也有这样的肝功能伤害，但大多数情况是一过性，转氨酶在停药后慢慢恢复正常。
第四、少见的比如口腔黏膜的溃疡，还有脱发，像皮炎以及小部分的肾功能损害等，但发生的比例比较低。