脑炎的后遗症因人而异，病情较轻的患者，可能会出现高热不退、持续低热的情况，还会伴头痛、呕吐等症状。同时患者会感到困倦、疲乏、精神气色不佳，有的患者出现学习困难、单侧听力丧失、视力障碍等情况。
病情较重的患者，会出现运动障碍、感觉障碍、意识障碍等。患者还可能突然出现意识丧失、突然跌倒、四肢抽搐、口吐白沫、抽风等症状，失语、眼球麻痹、吞咽困难、肢体瘫痪的情况也很常见。
若患者出现痴呆、记忆力以及理解力减退、智力低下、眼神呆滞、哭笑无常等就是严重的症状。