手足口病的传染期一般是两周，发病后一周内的传染性最高，所以孩子一般病后的一周内临床症状缓解，但是仍然有排毒，仍然有传染性，要隔离两周的时间，可能传染性就没有了。
手足口病主要的传染是经粪-口途径传播，同时还有呼吸道的飞沫传染，还可以有密切接触传播，传染性特别强，包括患者和病毒携带者的粪便、呼吸道的分泌物，以及患者的黏膜、疱疹液中都含有大量的病毒。如果接触其污染的手、日常用具、衣服，以及医疗器械等都可以传染。其中污染的手是传播中的关键媒介，所以手足口病原则上一定要隔离两周，两周以后临床症状缓解、消失了，才没有传染性。