HPV检查是用特制的小毛刷刷取宫颈周围黏液，不会引起疼痛，因为宫颈半身很少有神经纤维末梢存在，但是HPV检查过程中需要用窥器撑开阴道壁，有时会引起疼痛，毛刷触碰到阴道壁组织，也会引起一过性疼痛，都可以耐受。
在操作过程中医生尽量要小心轻柔，在撑开窥器时要轻柔一些，以免引起疼痛，刷取过程中尽量不要用毛刷触碰到阴道壁组织，可以减少疼痛，因此HPV检查本身不会引起疼痛。